Podporządkowując go Stolicy Apostolskiej, zastrzegł, że ponieważ „ jest to na ziemiach polskich dzieło nowe i niemające przykładu”, dlatego nie wolno go przekształcić w jakikolwiek zakon, czyli w ówczesnym rozumieniu – w zakon kontemplacyjny o ścisłej klauzurze. Dokument Nuncjusza Apostolskiego był niezwykle istotny, gdyż wyrażał aprobatę Stolicy Apostolskiej na czynną działalność Instytutu Zofii Czeskiej w Kościele. Tego samego roku tj. 30 czerwca zatwierdził go również w imieniu władzy państwowej król polski Władysław IV i nadał mu przywileje, jakimi cieszyły się instytucje religijne w Polsce. Instytut Zofii Czeskiej był otoczony życzliwością i poparciem społeczeństwa dzięki wytrwałej pracy Założycielki i widocznym osiągnięciom wychowawczym. Jej wychowanki prezentowały wysoki poziom wykształcenia i były poszukiwanymi nauczycielkami, guwernantkami i osobami umiejącymi zadbać o swoją przyszłość. Miedzy innymi już 26 czerwca 1630 r. wzięła Instytut w swoją protekcję królowa Konstancja, żona Zygmunta III Wazy.
Jezuici, którzy prowadzili w Polsce nowoczesne kolegia dla chłopców, na prośbę Zofii Czeskiej, pomogli jej opracować pierwotny statut szkoły. Oni też, w początkowym okresie działalności Instytutu służyli Zofii Czeskiej radą i duchową pomocą.
      Zakładając szkołę dla dziewcząt, Matka Zofia wpisała się w historię przemian potrydenckich w polskim Kościele. Należała do wielkich entuzjastów wychowania chrześcijańskiego. Jej celem było religijne wychowanie społeczeństwa w duchu soboru trydenckiego, realizowane poprzez wychowanie nowych pokoleń młodzieży żeńskiej w nowoczesnym, jak na owe czasy, zorganizowanym przez nią Instytucie szkolnym. Świadomie włączyła się w ruch reformy Kościoła w Polsce, odradzającego się po okresie reformacji. Jej działalność w tej dziedzinie, choć w skromniejszym zakresie, porównywana jest do poczynań wielkich reformatorów i obrońców katolicyzmu w XVI i XVII w. Opieką i wychowaniem dziewcząt zajęła się w sposób nietypowy, rozciągając je nawet na dziewczęta z uboższych warstw społecznych. Dzieci szlachty, mieszczan i sieroty uczyły się razem. Co było w tamtym czasie niemałym precedensem.
      Błogosławiona Matka Zofia, jako XVII-wieczny pedagog, postanowiła dać dziecku już od najmłodszych lat najlepsze wychowanie i wykształcenie oraz przygotować młodą dziewczynę do dorosłego życia, a w ten sposób zapewnić jej godną i szczęśliwą przyszłość, zarówno w życiu doczesnym, jak i wiecznym. Chciała uchronić ją przed głodem i pójściem na ulicę. Pracy wychowawczej poświęciła całe swoje życie. Przez 28 lat pełniła w Instytucie posługę przełożonej, wychowawczyni i nauczycielki.