Początki kościoła św. Jana Chrzciciela i św. Jana Ewangelisty sięgają XII wieku, choć księgi miejskie wymieniają go po raz pierwszy dopiero w 1308 roku. W 1325 roku występuje już jako parafia, a w XV wieku pojawia się wiele razy w źródłach wśród budynków tej części miasta. W 1659 roku zostaje powtórnie konsekrowany. Po przebudowie, w latach 1715 – 1726, został przekazany siostrom prezentkom.
Pierwotnie kościół posiadał tylko jedną nawę dwuprzęsłową z absydą. Na przełomie XII/XIV wieku usunięto absydę a dobudowano szczyt wschodni. Podczas gruntownego remontu pod kierunkiem Kaspra Bieżanki w XVIII wieku przedłużono kościół o jedno przęsło. Prawdopodobnie wtedy wzmocniono go szkarpami i wzniesiono nową fasadę oraz sklepienia.
Kościół św. Jana jest jedną z 77 świątyń tzw. „duniowych” od przydomka fundatora Piotra Włostowicza – „Dunina”. Kim był ów tajemniczy człowiek? To pochodzący ze Śląska rówieśnik króla Bolesława Krzywoustego. Jako „prawa ręka” króla, otrzymał polecenie rozprawienia się z nękającym wschodnie granice królestwa księciem ruskim Wołodarem. Włostowicz upozorował bunt przeciw Krzywoustemu , wkradł się w łaski Wołodara, po czym w czasie jednego z polowań, uprowadził księcia i przekazał go królowi. Za swego księcia Ruś halicko-przemyska zapłaciła ogromny okup, który częściowo trafił do skarbca Włostowicza.
Kolejnym momentem, który zaciążył na jego życiu było małżeństwo z Marią, córką Olega Michała (ok. 1055 – 1115), księcia ruskiego. Włostowicz pojechał do Marii jako swat swojego owdowiałego przyjaciela – króla Bolesława. Jednak córka Olega bardzo spodobała się Piotrowi i cała wyprawa po żonę dla króla, zakończyła się małżeństwem samego Włostowicza z ruską księżniczką. Dzięki temu mariażowi Piotr Włostowicz stał się jednym z najpotężniejszych ludzi w państwie, otrzymał urząd palatyna (wojewody), dowodził wojskiem, wyręczał króla w sądach, sprawował nadzór nad dworem, a w razie małóletności następcy króla – mógł go zastąpić.
Czyny Piotra na Rusi i okoliczności małżeństwa przyniosły mu wielką sławę, ale nie znalazły uznania w oczach Kościoła. Za pokutę miął ufundować 77 kościołów na terenie Polski południowej (głównie na Śląsku). Wśród nich znalazł się również krakowski kościół świętych Janów. Po śmierci króla Bolesława, stojąc na straży statutu Krzywoustego, Piotr popadł w konflikt z jego następcą – Władysławem II i z tego powodu uwięziono go i oślepiono. Piotr Włostowicz zmarł w 1153 roku i został pochowany w nieistniejącym już dzisiaj kościele św. Wincentego we Wrocławiu.
Pomóc każdej młodej duszy przeżyć swoją własną tajemnicę „prezentacji”, pomóc jej stanąć wobec Boga Żywego,
który jest Miłością i ukształtować z tej świadomości życie jako odpowiedź na tę Miłość
– to powołanie, któremu warto poświęcić siebie i wszystkie siły umysłu, woli i serca, ducha i ciała, poświęcić siebie całą.
kard. Karol Wojtyła, 21 listopada 1977 r.