Obraz Najświętszej Maryi Panny z Dzieciątkiem znajduje się w ołtarzu głównym i został ufundowany po 1577 roku przez litewskiego księcia Stanisława Radziwiłła, zwanego Pobożnym.

Nie znamy nazwiska malarza, który wykonał obraz. Prawdopodobnie został namalowany na południu Polski i nosi cechy przełomu gotyku oraz renesansu. Początkowo umieszczony był na bocznym filarze w kościele św. Jana. Jednak pewne zdarzenie z 1633 roku zdecydowało o przeniesieniu obrazu do głównego ołtarza i nadaniu mu tytułu – Matki Bożej od Wykupu Niewolników. Tak to zdarzenie opisuje księga cudów przechowywana przez siostry prezent ki:

„Roku Pańskiego 1633 jeden więzień w Zamku Krakowskim już na placu pod mieczem będąc, rodem z Prus, przez przyczynę Najświętszej Panny od srogiej śmierci wybawiony jest, którego towarzyszów srodze pokarano, ręce poobcinano, potem ćwiartowano, a on za ratunkiem Najświętszej Panny, której się oddawał w owym przypadku wolnym został. Za które dobrodziejstwo obecnie tu w kościele św. Jana Najświętszej Pannie dziękował, przy uczciwym mieszczanie krakowskim Andrzeju Wrońskim, i dziękując, samego siebie, wotum i kajdany, w których na placu był – ofiarował”.